En el desarrollo de su labor investigadora, financiada con Proyectos Autonómicos, Nacionales y Europeos, el IATS colabora con varios centros nacionales e internacionales:
- Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biología Evolutiva, Universidad de Valencia
- Universidad Jaume I de Castellón
- Universidad de Barcelona
- Universidad de Cádiz
- Universidad de Lugo
- Universidad de Murcia
- Universidad Politécnica de Madrid
- Instituto de Ciencias Marinas de Andalucía (Cádiz, CSIC)
- Instituto de Ciencias del Mar (Barcelona, CSIC)
- Universidade d´Algarve (Portugal)
- Universidade do Porto (Portugal)
- University of Tesalonica (Grecia)
- University of Thesalia (Grecia)
- Institute of Marine Biology of Crete (Grecia)
- Università degli studi di Udine (Italia)
- Università della Sapienza di Rome (Italia)
- University of Rennes (Francia)
- University of Leiden (Holanda)
- University of Utrech (Holanda)
- University of Gante (Bélgica)
- University of Aberdeen (UK)
- University of Stirling (UK)
- University of Bergen (Noruega)
- University of Würzburg (Alemania)
- Unitée Mixte INRA-IFREMER, Saint-Pee-sur-Nivelle, (Francia)
- Laboratoire de Physiologie des Poissons, INRA, Rennes (Francia)
- Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell´Umbria e delle Marche (Italia)
- Institute of Marine Research of Bergen (Noruega)
- Institute of Limnology and Oceanography (Israel)
- Universidad de Buenos Aires (Argentina)
- Universidad de Antofagasta (Chile)
- University of Gothenburg (Suecia)
